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O retículo endoplasmático rugoso e o Complexo de Golgi apresentam uma importante relação morfofuncional. As vesículas que saem do retículo endoplasmático rugoso seguem para o Complexo de Golgi, onde ocorrem várias atividades no conteúdo dessas vesículas. Se as vesículas do retículo chegam ao Golgi, e as proteínas que estão em seu interior apresentam problemas em sua produção:
as proteínas são devolvidas ao retículo endoplasmático através do fluxo podem ser retrógradas.
as proteínas são consertadas pelos ribossomos no Complexo de Golgi.
as proteínas seguem adiante até a rede trans do Complexo de Golgi em um fluxo anterógrado.
as proteínas permanecem no Complexo de Golgi, onde serão degradadas.
as proteínas saem pela rede cis do Complexo de Golgi em direçã
