A estrutura terciária de uma proteína incluiu o arranjo tridimensional dos átomos da proteína, com exceção daqueles localizados nas cadeias laterais dos aminoácidos.
Aminoácidos ligados formam uma cadeia proteica (polipeptídica). Da interação entre ligações de hidrogênio ou via pontes dissulfeto (S-S) entre os segmentos, possibilita o arranjo enovelado da proteína.
São chamados de domínios ou estruturas supersecundárias, os arranjos entre múltiplas cadeias polipeptídicas formadoras de uma proteína.
As conformações das cadeias laterais dos aminoácidos fazem parte da estrutura secundária e influenciam na estabilidade das proteínas.