Os marcadores moleculares têm sido amplamente utilizados em estudos para analisar a diversidade genética e a conservação das espécies. Sobre esse aspecto, é possível afirmar:
Todas as formas de vida do planeta são caracterizadas por estabilidade genética, que pode ser estudada para investigar aspectos biológicos e graus de conservação da espécie.
Um dos pontos mais importantes para a manutenção da variabilidade genética das espécies é o controle da monogamia.
Marcadores que demandam o uso de primers específicos para a amplificação dificilmente poderiam ser usados para o estudo de espécies sobre as quais há pouca informação genética.
A técnica de RAPD não é útil para o estudo de espécies raras ou ameaçadas, uma vez que necessita de grande quantidade de DNA para as análises.
Os microssatélites são eficientes para detectar polimorfismos em espécies ou indivíduos de uma mesma população, apresentando como principal vantagem o fato de serem dominantes.
