Devido à alta complexidade, a biorremediação apresenta diversos desafios. Entre os itens relacionados a seguir, NÃO são considerados desafios e dificuldades da biorremediação:
Rápido crescimento da população microbiana.
Rápida adsorção dos compostos poluentes em partículas que constituem a matriz (solo ou água) a ser remediada.
Presença de diversos compostos poluentes ao mesmo tempo em uma matriz contaminada.
Seleção e isolamento de espécies microbianas com potencial de degradação de compostos xenobióticos complexos.
Baixa produção de enzimas necessárias
