Quando o sistema colonial se iniciou, o racismo assumiu características religiosas em que se discutia a questão sobre a natureza cristã ou não dos Indígenas das Américas, discute-se também qual política colonial seria adotada em face deles. Os nativos da época não foram considerados nem hereges, nem pagãos, mas povos gentis, cristãos por natureza, que deveriam ser convertidos à fé cristã.