Classificação e Composição do Relatório de Variantes CNV

Classificação de variantes Composição do Relatório Classificação de variantes Composição do Relatório Dados Clínicos Parâmetros de Qualidade Karyoview Export Karyoview Export Detalhe das alterações CN State 300 Type Gain Chromosome 9 Cytoband Start q332 Size kbp 165 Marker Count 67 Gene Count 6 Genes OR1J1 OR1J2 OR1J4 OR1N1 OR1N2 OR1L8 OMIM Genes Count 0 OMIM Genes Call Microarray Nomenclature arrhg199q332125182382125347866x3 Classificação de variantes Benigno A CNV foi relatada em várias publicações revisadas por várias fontes ou bancos de dados curados como uma variante benigna particularmente se a natureza da variação do número de cópias tiver sido bem caracterizada Patogênico A CNV é documentada como clinicamente significativa em várias publicações revisadas por várias fontes mesmo que a penetrância e a expressividade da CNV sejam conhecidas como variáveis Significado clínico incerto Esta representa uma categoria razoavelmente ampla e incluirá descobertas que mais tarde demonstraram ser claramente patogênicas ou claramente benignas No entanto se no momento do relato evidências insuficientes estiverem disponíveis para determinação inequívoca de significância clínica e a CNV Significado clinico incerto Provavelmente benigna Significado clinico incerto Provavelmente patogênica Significado clínico incerto provavelmente patogênico 1 A CNV é descrita em um único relato de caso mas com pontos de quebra e fenótipo bem definidos específicos e relevantes para os achados do paciente 2 Um gene dentro do intervalo CNV tem uma função gênica muito convincente que é relevante e específica para o motivo do encaminhamento do paciente Significado clínico incerto provavelmente benigno 1 A CNV não possui genes no intervalo mas é relatada porque excede o critério de tamanho que pode ser estabelecido pelo laboratório 2 A CNV é descrita em um pequeno número de casos em bancos de dados de variação na população geral Formato de laudo Formato de Laudos Descrição detalhada do achado Classificação da alteração Doenças associadas ou aspecto fenotípico esperado Aconselhamento genético Referencias bibliográficas RESULTADO FOI IDENTIFICADA ASEGUINTE ALTERACAO CROMOSSOMICA arrhg1913q1413q14345891850539474651 Genes de referencia Sao mapeados nessa regiao 92 genes CONCLUSAO A analise detalhada da amostra com o Cytoscan 750K revelou uma delecao em 13q1413q143 de aproximadamente 8 Mb classificada como patogenica A delecao em 13q1413q143 inclui a regiao critica da CHROMOSOME 13q14 DELETION SYNDROME OMIM 613884 de heranca autossomica dominante INTERPRETACAO A delecao em 13q1413q143 inclui a regiao critica da sindrome de delecao 13q14 A sindrome de delecao do cromossomo 13q14 e uma sindrome de fenotipo variavel que depende do tamanho e posicao da alteracao Ela e caracterizada por retinoblastoma OMIM 180200 graus variaveis de comprometimento mental caracteristicas faciais distintas que incluem testa alta e proeminente filtro longo e proeminente e lobulos de orelha antevertidos REFERENCIAS DICAS 080989A3Phase4CustomerPanelCytoScanPS20110228CytoScanHDcyhp Copy Number State segments 1st degree consanguinity IBD 25 Table 1 Correlation between percentage of LCSH and degree of parental relationship Parental Relationship Degree Coefficient of Inbreeding F LCSH IBD Predicted in Child a Parentchild First 025 25 Full siblings First 025 25 Half siblings Second 0125 125 Uncleniece or auntnephew Second 0125 125 Double first cousins Second 0125 125 Grandparentgrandchild Second 0125 125 First cousins Third 00625 6 First cousins once removed Fourth 003125 3 Second cousins Fifth 0015625 15 Third cousins Seventh 00039062 05 a Assuming outbred population Considerações sobre classificação A região contém um gene imprintado possivelmente levando a diferenças na patogenicidade há uma deleção em um alelo e uma mutação pontual no outro alelo A mesma deleção está presente em ambos os alelos portanto duas deleções heterozigotas benignas podem gerar uma deleção homozigótica deletéria Cada progenitor tem uma deleção diferente e benigna heterozigótica no mesmo gene que quando ambos são herdados causa um efeito deletério na prole heterozigoto composto A CNV está no cromossomo X e é herdada por um filho de uma mãe não afetada A CNV ocorre em combinação com outra CNV e juntos leva a um defeito patogênico DGV Database of Genomic Variants httpdgvtcagcadgvapphome Genomic Variants in Human Genome Build GRCh37 Feb 2009 hg19 800 kbp from chr77189018172690180 Database of Genomic Variants A curated catalogue of human genomic structural variation Landmark or Region chr77189018172690180 Search Data Source Genomic Variants in Human Genome Build GRCh37 Feb 2009 hg19 Filter variants study chr7 880 kbp 200 kbp 7q1123 DGV Structural Variants BlueGainRedLossBrownComplexPurpleInversionBlackUnknown nsv1146102 John2014 nsv607461 Cooper2011 nsv365990 Mills2006 nsv114976 Kid2008 Decipher httpsdeciphersangeracukbro wserq2062037542 62103993location2061945767 62195767 Genome Browser 2062037542062103993 Jump to position gene or band Go pLI ranges Less intolerant 01 01 to 05 Intolerance to LoF mutation 05 to 09 More intolerant 09 Location Gene Transcript Annotation Inheritance Genotype Pathogenicity Contribution No data available in table OMIM Online Mendelian Inheritance in Man httpswwwomimorg CLN8 GENE CLN8 HGNC Approved Gene Symbol CLN8 Cytogenetic location 8p233 Genomic coordinates GRCh38 817557771786569 from NCBI GenePhenotype Relationships Location Phenotype 8p233 Cereoid lipofuscinosis neuronal 8 Cereoid lipofuscinosis neuronal 8 Northern epilepsy variant TEXT Cloning and Expression Ranta et al 1999 reported the positional cloning of a novel gene CLN8 in the critical region of chromosome 8p for progressive epilepsy with mental retardation EPMR 610003 or Northern epilepsy The CLN8 gene encodes a deduced 286amino acid transmembrane protein with a molecular mass of 80 KD Ranta et al 1999 also cloned mouse Cln8 To determine the intracellular localization of CLN8 Lonka et al 2000 transiently transfected BHK cell lines with CLN8 cDNA Using CLN8 and cell organellespecific antibodies with confocal immunofluorescence microscopy they showed that the CLN8 protein localizes primarily in the ER with partial localization in the ERGolgi intermediate compartment ERGIC The ERERGIC localization was not altered in the CLN8 protein containing a human CLN8 mutation 6103430001 However the truncated murine mind mutant protein was found only in the ER Mutations in the ER retrieval signal KKRP resulted in localization of CLN8 to the Golgi apparatus The authors concluded that CLN8 is an ER resident protein that recycles between ER and ERGIC